Como director en jefe de la Agencia de Investigación Criminal (AIC) de la ahora Fiscalía General de la República (FGR), Omar García Harfuch , asestó varios golpes en la estructura operativa, financiera y de distribución de armamento del Cártel de Jalisco Nueva Generación (CJNG).
En agosto de 2018, uno de sus últimos actos como titular de la AIC, en el sexenio pasado, García Harfuch estuvo en la ciudad de Chicago donde en conjunto con autoridades de Estados Unidos, se anunció una estrategia para combatir a las organizaciones criminales, en especial al CJNG, encabezado por el michoacano Nemesio Oseguera Cervantes, "El Mencho".
Antes, en agosto de 2017, Omar García y su equipo ya había logrado la detención de Raúl Flores Hernández, “El Tío”, en Zapopan, quien resultó ser uno de los operadores financieros más importantes del CJGN, requerido por el gobierno de Estados Unidos.
Después, junto con el Ejército, logró la captura en la ciudad de México, de Dámaso López Núñez, “El Licenciado”, quién buscaba una alianza con el cártel de Jalisco Nueva Generación para arrebatarle el control total del cártel de Sinaloa a los hijos del “Chapo”, Iván y Alfredo Guzmán.
En junio de 2018, hace dos años, el ahora secretario de Seguridad de la Ciudad de México concretó la captura de 10 personas, seis de origen chino y cuatro mexicanos, que formaban parte de una red internacional de operadores financieros vinculada al Cártel Jalisco Nueva Generación (CJNG), en diversos domicilios de la Ciudad de México.
Tras el secuestro y asesinato de dos elementos de la AIC por parte del CJNG, ocurrido entre los límites de Jalisco y Nayarit, García Harfuch encabezó las pesquisas para la detención de 18 integrantes de dicho grupo criminal, entre ellos Mauricio Varela Reyes, El Manotas, de nacionalidad colombiana.
También participó en el aseguramiento de José Luis Gutiérrez Ochoa, “Tolín” y/o “77” y/o “El señor de la TT”, cuñado del “Menchito”, y Jorge Luis Sierra Estrada, “El Orejón”, operador del cártel de Jalisco Nueva Generación en Tlajomulco, Jalisco, y compadre de “El Mencho”.
De igual forma, la AIC de García Harfuch tuvo participación en la detención de José Guadalupe "N", "El 15", jefe de plaza del Cártel Jalisco Nueva Generación en Zapotlán el Grande, Jalisco, y responsable de la desaparición de tres ciudadanos italianos.
Asimismo, planeó el operativo para la captura de Juan Francisco “N”, “Juan Pistolas”, jefe de sicarios del CJNG, que se encargaba de distribuir armamento al Cártel Jalisco Nueva Generación (CJNG) y drogas en la zona metropolitana de Guadalajara.
Desde la AIC, Omar García emprendió una ofensiva contra la Unión Tepito y los diversos grupos de narcomenudistas que operan en la capital, en conjunto con la Marina, logrando la detención de criminales violentos como Roberto Mollado Esparza, "El Betito"; David García Ramírez, “El Pistaches”; Óscar Andrés Flores, “El Lunares”; y Jorge Flores Conchas, “El Tortas”, uno de los principales líderes de la organización delictiva “Anti - Unión Tepito.
Su trayectoria también abarcar el desmantelamiento de banda de secuestradores como “La Marranita”, “Los Conejos”, “Los Mexicanos Más Locos (MML)” y “Los Bikers y/o Los Botello”, que se caracterizaban por su alto grado de violencia con sus víctimas y por exigir altas sumas de dinero a cambio de la libertad de los secuestrados.
En 2018, García Harfuch recibió del Departamento de Seguridad Nacional de Estados Unidos el Premio a la Cooperación Internacional por el trabajo de la Agencia de Investigación Criminal de la PGR para desarticular a la banda transnacional “Los Granados”, dedicada a la trata de personas.