Más trascendente en la relación entre los poderes de la República que la supresión de los fideicomisos del Poder Judicial es la necesidad de controlar su desbordamiento en demérito de las atribuciones de los otros poderes. Se requiere precisar en la ley conceptos y principios que han dado lugar a un descontrol interpretativo, y así evitar que la impartición de justicia se convierta en un instrumento para satisfacer pretensiones políticas. La admisión de amparos contra decisiones que no son propiamente actos de autoridad, como la decisión de la Segunda Sala de judicializar una declaración conjunta entre México y EU, obliga a que la Ley de Amparo precise lo que debe entenderse por acto u omisión de la autoridad. La doctrina ya ha hecho esa tarea, pero la jurisprudencia se ha apartado del sentido estricto del concepto y por eso conviene establecer en la ley que “son actos de autoridad, las decisiones de carácter unilateral, imperativo y coercible que emitan cualesquiera órganos del Estado y que vulneren o restrinjan directamente los derechos humanos de algún gobernado”. Deben excluirse claramente las resoluciones que no tienen ese carácter previendo que “las determinaciones internas tomadas en el seno de cualquier poder u órgano constitucional autónomo que no tengan las características antes especificadas y no incidan directamente en la esfera jurídica de los gobernados, no serán considerados actos de autoridad”. Señalándose que las diferencias internas entre miembros de esos cuerpos colegiados, deberán resolverse en su seno y no serán judicializables.
En cuanto a la inacción de la autoridad es necesario precisar que “la omisión nunca podrá alegarse respecto de deberes genéricos señalados al Estado mexicano en tratados internacionales o en disposiciones constitucionales o legales que no indiquen específicamente la acción que debe ser realizada por la autoridad de que se trate”.
Otro concepto constitucional que exige precisión es el de interés legítimo, el cual surge de una “especial situación frente al orden jurídico” expresión muy vaga que abre posibilidades para ampararse frente a cualquier cosa. El legislador debe indicar que “la especial situación frente al orden jurídico se actualiza cuando una persona demuestre que su esfera jurídica sufre una afectación real y actual con motivo de un acto de autoridad que ha dañado el interés jurídico de otras personas y que, con motivo de ello, sufre una afectación indirecta por virtud de la cual queda impedido de ejercer un derecho concreto”. Es necesario también evitar que organizaciones que no han resentido una afectación en su esfera jurídica asuman una representación supuestamente justificada por un interés legítimo y estimulen el activismo político de los juzgadores. Para tal efecto debe adicionarse la Ley de Amparo con normas que impidan esa distorsión. Al respecto sería conveniente determinar que “las personas morales, independientemente del objeto para el que se hayan constituido, solo podrán actuar como quejosas aduciendo una especial situación frente al orden jurídico cuando se actualicen en su perjuicio las condiciones que dan lugar a dicha ‘especial situación’”, agregándose que las personas morales “solo podrán representar el interés legítimo de otras, cuando estas les hayan otorgado un mandato formal”.