A pesar de todos los conflictos que Porfirio Díaz y Mariano Escobedo mantuvieron en vida, el dictador indultó al nuevoleonés y lo reconoció como lo que realmente había sido: un héroe de guerra, el vencedor de Querétaro, por lo que, después de su fallecimiento, se le rindieron los más altos honores.
La causa de su defunción había sido una neumonía que lo había dejado en cama desde hacía cinco días, mismos en que recibió constantes visitas y atenciones de militares y políticos, incluyendo al secretario de Guerra. El presidente tuvo intención de saludarlo, no obstante, “en vista de que se le avisó el miércoles en la tarde que el general estaba mejor, había ofrecido ir el jueves por la mañana a visitar a su compañero. Desgraciadamente la muerte sobrevino en ese lapso y ya no fue posible al señor Díaz acudir”.
A las dos de la madrugada del 22 de mayo de 1902, se declaró que Escobedo había dejado de existir. El mandatario se enteró del deceso por medio del capitán mariscal, que acudió a su casa a las siete de la mañana para hacerle el anuncio mientras desayunaba: “inmediatamente y con un saco de abrigo […] bajó al despacho donde se hallaba el capitán y con ansiedad preguntó: ¿Qué trae, compañero?” y recibió la fatal nueva.
El oaxaqueño mandó de regreso al mensajero para que “diera a la familia el pésame más sentido y que le manifestara que estaba a la disposición de ella para lo que pudiera necesitar”. Más tarde se hizo público el telegrama que envió a los allegados: “Enterado con profunda pena de su mensaje de hoy, sírvase recibir los testimonios de mi condolencia. Ya doy las órdenes para que los funerales se verifiquen como corresponde a su alta categoría y gloriosos antecedentes”. Se dijo que, cuando se le informó del fallecimiento, sufrió una impresión muy dolorosa, tanto así que “no quiso ya tomar ningún alimento, y desde luego se dispuso para salir personalmente a dar el pésame a los deudos”.
Los Escobedo aceptaron el ofrecimiento del presidente para que el difunto recibiera los honores en la Cámara de Diputados. El cadáver del patriarca fue embalsamado y vestido con el uniforme de general de división, para, posteriormente, ser trasladado, “en una elegante carroza enlutada y tirada por seis caballos”, desde su residencia en Tacubaya al lugar, donde le hicieron guardia los miembros del Congreso, jefes y oficiales. La ceremonia fúnebre comenzó a las 9 de la mañana y estuvieron presentes las personalidades más distinguidas del ejército y del gobierno, incluido el dictador. Un diputado y el ministro Bernardo Reyes fueron los responsables de pronunciar algunos discursos sobre la vida y trayectoria del nuevoleonés.
Una vez terminado el acto, el cortejo salió hacia el Panteón de Dolores. Según se dijo, momentos antes de morir, Escobedo expresó que quería ser inhumado en el lote de “Defensores del 47” y su familia se lo comunicó a la Secretaría de Guerra, la cual se encargó de cumplir su última voluntad. El féretro fue depositado en la fosa 29 del primer círculo de la Rotonda de los Hombres Ilustres mientras las bandas batían marcha y la artillería hizo 21 disparos.
A partir de su deceso, la lista de generales divisionarios, encabezada por antigüedad por el oaxaqueño, se redujo a únicamente 12 militares. Con el tiempo, el nombre de Escobedo ocupó calles, alamedas y municipios en homenaje a una vida dedicada a la protección de la patria. Así se conmemoró la muerte de uno de los últimos compañeros de armas de Porfirio Díaz.