En 2020 la administración federal creó el programa de becas Elisa Acuña, para apoyar a los estudiantes de universidades públicas distintas a las Universidades del Bienestar y las instituciones de educación media superior y superior ubicadas en puntos de alta marginación social del país.
Es decir, estas becas eran dirigidas a los estudiantes de instituciones como la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), la Universidad Autónoma Metropolitana (UAM), el Instituto Politécnico Nacional (IPN), la Escuela Nacional de Antropología e Historia (ENAH), la Universidad Autónoma de la Ciudad de México, el Centro de Investigación y Docencia Económicas, y otras universidades públicas del país.
A diferencia del programa de becas para el Bienestar Benito Juárez, dirigido específicamente a alumnos provenientes de localidades indígenas y de alta marginación social, el paquete de becas Elisa Acuña englobó recursos para programas de apoyo que ya existían desde hace varios años, como el de manutención de la UNAM y la UAM, el de intercambio académico de la UNAM, y el de apoyo al Servicio Social de la Universidad Autónoma de Guerrero y de la Universidad Popular Autónoma de Veracruz.
Otros paquetes de apoyo fueron la beca dirigida a intercambios académicos para estudiantes de Escuelas Normalistas y la manutención de estudiantes de la ENAH.
Cabe destacar que en 2020 y 2021 las Becas Elisa Acuña dejaron de operar en 2022.