Su primera película fue “Dos corazones y un tango” (1942) donde actuó junto al tanguero argentino Andrés Falgás. Se retiró de los escenarios aún joven, luego de haber participado en más de 50 películas.
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Cuando Emilio "El Indio" Fernández decidió filmar "La perla", pensó que su protagonista ideal sería la bella Olivia de Havilland, la actriz coprotagonista de "Lo que el viento se llevó". Pero Olivia nunca se enteró de la intención del director, quien encontró en María Elena Marqués tanta belleza como en Olivia.
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Actuó con grandes del cine como Jorge Negrete, Mario Moreno "Cantinflas", Arturo de Córdova y Pedro Armendáriz.
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Fue uno de los bellos rostros de la Época de Oro del cine mexicano, una mezcla de la dureza de María Félix con la expresividad de Dolores del Río.
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María Elena estuvo casada con el actor Miguel Torruco, galán de cintas mexicanas, con quien tuvo dos hijos, Marisela y Miguel.
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En su última presentación pública dijo que se retiró "por miedo al sexo y a la violencia en las películas". Falleció el 11 de noviembre de 2008.