En 36 horas los investigadores sudafricanos analizaron una centena de nuevas muestras sospechosas, compararon datos y alertaron al mundo sobre una nueva variante de SARS-CoV-2. Un aviso en tiempo record. La clave principal del nuevo hallazgo fue que en pruebas previas de rutina, provenientes de un laboratorio privado, el gen S no se podía detectar, pero síntomas ligados al Covid-19 prevalecían. Todo era culpa de una razón compleja, pero natural en un virus: el genoma había mutado. Las mutaciones son eventos esperados dentro de su proceso de evolución, es la manera en que sobreviven y se adaptan al medio.
Desde la caracterización genómica inicial del SARS-CoV-2, éste ha evolucionado con mutaciones específicas que han dado forma a grupos genéticos virales que circulan en todo el mundo. La secuenciación de genomas es un proceso que determina el orden o la secuencia de los nucleótidos en cada uno de los genes presentes en el genoma del virus. Los nucleótidos son moléculas orgánicas que forman el bloque estructural de los ácidos nucleicos. Al comparar los nucleótidos del gen de un virus frente a los de otro, pueden surgir variaciones entre ambos. Las variaciones modifican los aminoácidos que componen las proteínas de los virus, lo que resulta en cambios estructurales en la proteína y por consiguiente en cambios en algunas de las propiedades del virus.
Alerta científica
La Red de Vigilancia Genómica Sudafricana (NGS-SA) monitorea eficazmente los cambios del SARS-CoV-2, involucrando los servicios gubernamentales de salud en perfecta sintonía con instituciones académicas y laboratorios privados. Existen siete centros de secuenciación genómica, conectados a laboratorios de diagnósticos públicos y privados en todo el país. Sudáfrica ha priorizado el análisis de miles de muestras con eficaces protocolos en busca de alguna diferencia respecto a las variantes que circulan en el país; así ha detectado nuevas variantes en dos ocasiones y ha logrado alertar al mundo oportunamente.
Primero lo hizo con la variante 501Y.V2, nombrada por la OMS como beta, la cual fue descubierta gracias a la Plataforma de Secuenciación e Innovación en Investigación de la Universidad de KwaZulu-Natal. Se detectaron 23 mutaciones que provocaron dos decenas de cambios en los aminoácidos y ocho más en la proteína espiga. Las primeras muestras fueron recabadas en mayo de 2020 y su designación como variante preocupante se generó el 18 de diciembre.
Recientemente, Sudáfrica fue de nuevo noticia con la detección de ómicron. A principios de noviembre los laboratorios en la provincia sudafricana de Gauteg no podían detectar en sus pruebas al gen del virus que genera la proteína pico y que permite que el patógeno ingrese a las células. Los cambios eran notorios y al final se acumularon más de 30 mutaciones en esta proteína, sumadas a la decena de transformaciones que mostraban las variantes de previa aparición.
Para tratar de imaginar su origen, Richard Lessells le apuesta a dos hipótesis. La primera es que la cepa de 2020 comenzó a circular en algún lugar del sur de África, “lo que permitió que evolucionara fuera del radar durante largo tiempo”, y cuando la variante llegó a Sudáfrica fue identificada. La otra hipótesis del experto es que el virus se incubó en una persona inmunodeprimida, por ejemplo, como resultado de una infección de VIH no tratada o con una infección crónica de Covid-19. Así, la persona no fue lo suficientemente fuerte para eliminar completamente un virus que permaneció mutando para evadir mejor las células inmunitarias que producen anticuerpos.
Variantes de preocupación
A la fecha han sido nombradas cinco variantes de preocupación por la Organización Mundial de la Salud: alpha, beta, gamma, delta y ómicron. Esta categoría identifica uno o más cambios (transmisibilidad, virulencia o eficacia de medidas) en un grado que resulta significativo para la salud pública mundial.
La única variante con presencia mundial por su rápida capacidad de contagio ha sido, hasta ahora, delta. Desde julio de 2020, cuando fue notificada por primera vez y hasta el 30 de noviembre de 2021, 181países (54 de América) han reportado su detección. Esta variante ha desplazado a las otras variantes en un corto lapso y es la predominante en el mundo.
Las variantes del SARS-CoV-2 han sido monitoreadas desde el inicio de la pandemia a través del banco de datos de secuencia GISAID, un repositorio global mediante el cual la Organización Mundial de la Salud evalúa si la información de las muestras recabadas en muchos países tiene impacto sobre la transmisión del virus y su gravedad, así como eficacia de los diagnósticos, terapias y vacunas. Desde diciembre de 2019 al 30 de noviembre del 2021 se han compartido en esta red más de 5.5 millones de secuencias genómicas.
Además de Sudáfrica, países como Reino Unido, Francia, Japón e India han demostrado tener estrategias bien desarrolladas de secuenciación genética que contribuyen a detectar nuevas variantes del SARS-CoV-2. Uno de los que más contribuye a este contenedor de datos global es Reino Unido, que secuencia el genoma del virus de unas 20 mil muestras semanales.
Los científicos tienen claro que ómicron no se desarrolló a partir de otras de las variantes de preocupación predominantes, como delta, sino que evolucionó en un nicho separado.
Los especialistas sudafricanos alertaron rápido sobre la variante mostrando la capacidad científica y ética para la detección genómica, vital en tiempos de pandemia, pero el mundo los estigmatizó de nuevo. Se espera que las vacunas mantengan protección contra la variante ómicron porque no solo estimulan los anticuerpos, sino otras células inmunitarias que atacan las células infectadas por el virus.
Los laboratorios tienen las herramientas para adaptar rápido sus vacunas contra las variantes. La inequidad global en el acceso a éstas sigue siendo la alfombra roja del SARS-CoV-2, pues la población no vacunada le da oportunidad al virus de mutar. Aún falta para tener respuestas más certeras sobre ómicron y es inevitable que surjan nuevas variantes, pero los organismos internacionales subrayan que es fundamental que todos los países tengan los sistemas de vigilancia genómica necesarios para identificarlas oportunamente.
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