Nacido en la Ciudad de México en 1958, forma parte de la Sociedad de Vida Apostólica Cruzados de Cristo Rey; en 2001 ingresó a trabajar en la 'sección disciplinar' de la Congregación para la Doctrina de la Fe (CDF) , de la cual es responsable desde febrero de 2009.

Su nombre salió a la luz la víspera gracias al 'promotor de justicia' (fiscal eclesiástico) de la CDF, Charles Scicluna, quien en una larga entrevista habló sobre cómo trata la Sede Apostólica los casos de 'delicta graviora', los crímenes más graves considerados por la Iglesia.

Tras haber pasado su infancia en Ciudad Nezahualcóyotl, inició sus estudios eclesiásticos en la Universidad Popular Autónoma del Estado de Puebla (UPAEP) , cursó también en la Universidad Pontificia de México y en el Seminario Conciliar de Toledo (España) .

Ejerció su ministerio sacerdotal como párroco en la diócesis de Ciudad Juárez, Chihuahua y más tarde se trasladó a Roma, donde estudió en la Pontificia Universidad Gregoriana.

En la entrevista, publicada por el Servicio de Información Vaticana (VIS por sus siglas en inglés) , Scicluna explicó la labor del mexicano en la persecución de los delitos contra el sexto mandamiento (no cometerás actos impuros) , por parte de clérigos con menores de 18 años.

'Junto a mí, que por ser uno de los superiores del dicasterio debo ocuparme de otras cuestiones, hay también un jefe de oficina, el padre Pedro Miguel Funes Díaz, siete eclesiásticos y un penalista laico que siguen esos procedimientos', explicó.

En la misma entrevista el promotor de justicia reveló que, desde 2001 hasta la fecha, la oficina en la que trabaja Funes ha estudiado unos tres mil casos de sacerdotes diocesanos y religiosos concernientes a actos cometidos en los últimos 50 años.

Abundó que el 60 por ciento de estos fueron casos de 'efebofilia', es decir de atracción sexual por adolescentes del mismo sexo, un 30 por ciento correspondió a relaciones heterosexuales y un 10 por ciento a actos de pedofilia, determinados por la atracción sexual hacia niños impúberes.

De las tres mil causas analizadas un 20 por ciento llegaron a un proceso penal con una sentencia concreta, mientras en otro 60 por ciento, sobre todo debido a la edad avanzada de los acusados, no hubo proceso, pero se emanaron contra los acusados normas administrativas y disciplinarias, explicó.

En un 10 por ciento, agregó, a causa de las pruebas y abrumados por la gravedad de los crímenes, el Papa autorizó directamente la dimisión del estado clerical de los imputados y en el restante 10 por ciento los mismos clérigos pidieron la dispensa de las obligaciones del sacerdocio.

A partir del 30 de abril de 2001, gracias al decreto papal (motu proprio) 'Sacramentorum Sanctitatis Tutela' los 'delicta graviora' son competencia exclusiva de la Congregación para la Doctrina de la Fe y de la oficina en la cual, en enero de ese año, comenzó a laborar Pedro Miguel Funes.

Desde su puesto el mexicano asistió al entonces prefecto de la CDF, el cardenal Joseph Ratzinger, en la crisis por los abusos sexuales en Estados Unidos, que explotó en los años 2003 y 2004, acaparando la atención de los jueces del Vaticano.

Además, colaboró con el mismo Charles Scicluna en la investigación en torno al fundador de los Legionarios de Cristo, Marcial Maciel Degollado, quien fue sentenciado en mayo de 2006.

En los últimos años, ya a cargo de la 'sección disciplinar', Funes y su equipo han estudiado anualmente un promedio de 250 acusaciones de diversos países del mundo.

Fuentes del Vaticano confirmaron a Notimex que el sacerdote mexicano ha jugado un importante papel en la política de 'tolerancia cero' hacia los abusos adoptada por Raztinger desde su tiempo en la Doctrina de la Fe y ahora como Papa Benedicto XVI.