Germán Martínez
En septiembre de 2007 renuncia a la Secretaría de la Función Pública para contender por la presidencia nacional del PAN. Es reemplazado por Salvador Vega Casillas.

Beatriz Zavala Peniche
El 14 de enero de 2008 deja la Secretaría de Desarrollo Social (Sedesol) para integrarse a la Secretaría de Relaciones Gubernamentales del PAN.

Ernesto Cordero
El 14 de enero se anuncia que deja la subsecretaría de Egresos de la Secretaría de Hacienda y es nombrado titular de Sedesol.

Francisco Ramírez Acuña
El 15 de enero de 2008 es removido de la Secretaría de Gobernación y reemplazado por Juan Camilo Moriño.

Gerardo Ruiz Mateos
En enero de 2008 sustituye Juan Camilo Mouriño en la Oficina de la Presidencia de la República. El 6 de agosto de 2008 es nombrado secretario de Economía.

José María Zubiría Maqueo
El 4 de julio de 2008, renuncia como jefe del Servicio de Administración Tributaria (SAT), cargo que venía desempeñando desde el 2 de julio de 2003. Alfredo Gutiérrez Ortiz Mena lo sustituye en el cargo
 
Noé Ramírez Mandujano
El 31 de julio 2008 deja el cargo de subprocurador de Investigación Especializada en Delincuencia Organizada (SIEDO) de la PGR.

Marisela Morales Ibáñez
El 4 de agosto de 2008, Calderón la nombra titular de la Subprocuraduría de Investigación Especializada en Delincuencia Organizada (SIEDO) de la PGR.

José Luis Santiago Vasconcelos
El 3 de agosto de 2008 renuncia al cargo de subprocurador Jurídico y de Asuntos Internacionales de PGR.

Eduardo Sojo
El 21 de noviembre de 2006 Calderón lo nombra titular de la Secretaría de Economía y el 6 de agosto de 2008 es propuesto por el Ejecutivo como titular del INEGI su lugar es ocupado por Gerardo Ruiz Mateos.

grg