Desde su nacimiento, los pleitos han sido protagonizados por dos grupos. En sus inicios por Manuel Gómez Morín, al frente de los conservadores liberales, y Efraín González Luna, con los conservadores clericales.

Gómez Morín, fundador del partido, encabezó en 1964 una de las primeras luchas internas, pues se opuso a la integración del instituto político a la democracia cristiana. Opinaba que la política y la religión no debían mezclarse. Esto provocó la renuncia de varios militantes.

En ese entonces Gómez Morín llamó "meones de agua bendita" a todos los panistas católicos.

Paradójicamente, Manuel Espino, actual dirigente de Acción Nacional, es el presidente de la ODCA, la organización más importante en América Latina que aglutina a los partidos que pertenecen a esta ideología.

Luis Calderón, padre de Felipe Calderón, renunció en 1981 por el ingreso del sector empresarial al PAN.

La pugna de hoy entre Espino y Calderón no es un caso aislado.

En los años 90 el propio Calderón se confrontó con Carlos Castillo Peraza -a quien presume como su padre ideológico-, e inclusive este último se alejó del ahora presidente de la República cuando era líder partidista.

Otra escisión se dio luego de que Jesús González Schmal y Bernardo Bátiz criticaron a Luis H. Álvarez y Diego Fernández de Cevallos por el acercamiento estrecho con el entonces presidente Carlos Salinas.

Actualmente el PAN afronta diferencias por el control del partido.