Entonces, Fuentes expresó que México era un país de inmenso acervo bibliográfico que requería y merecía una gran Biblioteca Nacional comparable a las de Francia, Gran Bretaña y Estados Unidos.

Dos años más tarde, a comienzos de 2004, en la llamada megabiblioteca comenzaron a trabajar 28 empresas contratistas que en los momentos de mayor carga ocuparon hasta a mil 500 empleados.

El diseño del edificio, seleccionado por concurso internacional, fue propuesto por los arquitectos Alberto Kalach, Juan Palomar y Gustavo Lipkau, quienes plantearon un proyecto que hermana la arquitectura con la naturaleza para lograr una biblioteca con jardín botánico. Sin embargo, las críticas a ese proyecto se escucharon desde su anuncio.

Para el historiador Antonio Saborit, la construcción de una biblioteca siempre es una buena noticia, sin embargo, considera que el problema fundamental de un proyecto como este fue la prisa para concluir las obras. "Por las prisas se ha castigado el presupuesto de otras áreas, de otros institutos en aras de dotar de dinero a la construcción de este proyecto. Por lo mismo, no sé hasta qué punto la biblioteca, una vez que arranque, contará con una dotación propia y no seguirá tocando los presupuestos de otras áreas."

Las opiniones entre la comunidad cultural se dividieron. Hubo quienes celebraron la construcción de una megabiblioteca, como el escritor Fernando del Paso: "Muchos decían que es mejor varios cientos de bibliotecas en lugar de esa, pero yo creo que es mejor las dos cosas, que no le pesa a la ciudad de Washington tener la biblioteca del Congreso, ni a Londres la Biblioteca del Museo Británico, ni a París la Nacional. Una gran comunidad en número necesita también una gran biblioteca."

En principio, la presidenta del Conaculta, Sari Bermúdez, aseguró que se gastarían entre 800 y mil millones de pesos en la megabiblioteca y que sería financiada al 50% por el gobierno federal a través de recursos fiscales, y el resto dependería de lo que pudiera reunir el patronato, sin embargo, éste no ha entregado dinero, a la espera de que se definan diversos detalles de la obra.

Tan sólo la construcción ascendió a mil millones de pesos, casi 400 millones más del presupuesto original de 650 millones, planteado en octubre de 2003. Ante esto, el diputado perredista Inti Muñoz denunció que la construcción duplicó la inversión que el Conaculta aseguró que costaría. Muñoz reveló que según información del gobierno federal, esta construcción recibió partidas presupuestales por un total de mil 983 millones de pesos. El Conaculta negó la veracidad de esta información.