Los enfrentamientos registrados el 3 y 4 de mayo de 2006 con policías federales y estatales desmembró casi en su totalidad al FPDT, cuyos principales líderes fueron encarcelados o permanecen prófugos.

La detención y reclusión en el penal del Altiplano del principal dirigente del movimiento, Ignacio del Valle Medina, significó un duro golpe para la organización.

América del Valle Ramírez, vocera del FPDT e hija de Ignacio del Valle; Trinidad Ramírez, esposa de Ignacio; Ulises del Valle Ramírez, otro hijo de Ignacio; Adán Espinosa Rojas, Bernardino Cruz Carmona, David Pájaro Huerta, Martha Pérez Pineda y Jorge Flores Ibarra, identificados como dirigentes del movimiento campesino, salieron del municipio el 4 de mayo de 2006 para no ser aprehendidos.

Entonces, el FPDT quedó sin pies ni cabeza, pues sus dirigentes o estaban presos o buscaron el exilio. El golpe asestado por el gobierno federal y estatal había sido demoledor.

Ardelio Vargas Fosado, jefe del Estado Mayor de la Policía Federal Preventiva (PFP), aseguró el 4 de mayo que el movimiento social estaba desarticulado.

Durante semanas los otros miembros de la agrupación se reunían en la clandestinidad para definir las acciones a seguir.

Desde entonces, la prioridad de los miembros del Frente que no fueron aprehendidos ha sido exigir la libertad de los detenidos y que se castigue a los responsables de los abusos cometidos en contra los simpatizantes del frente.

Las movilizaciones continuaron después de los hechos violentos del 3 y 4 de mayo de 2006, pero ya no eran tan numerosas como antes. Las acciones emprendidas por las fuerzas públicas sembraron miedo entre los seguidores de FPDT.

Miguel Buendía, uno de los integrantes que asumió el control del movimiento señaló en entrevista: "Nosotros seguimos en la misma posición que es defender la tierra y yo creo que el compañero Ignacio del Valle está contando allá en la cárcel con nosotros, sería decepcionante que nosotros nos echáramos en estos momentos para atrás. No podemos hacerlo y vamos a seguir sobreviviendo", anticipó.

Heriberto Salas, otro miembro de la organización, dijo que el golpe que recibieron fue casi fulminante.

María Antonia Trinidad, doña Trini, esposa del líder del FPDT, Ignacio del Valle Medina, estuvo oculta, fuera de San Salvador Atenco, durante siete meses, pues también tenía orden de aprehensión, pero volvió al pueblo una vez que un juez federal le otorgó un amparo y se reincorporó a la lucha.

La semana pasada el diputado federal priísta, Gustavo Cárdenas Monroy, presidente de la Comisión de Comunicaciones y ex colaborador cercano del ex gobernador mexiquense Arturo Montiel Rojas, reactivó la idea de construir el aeropuerto alterno en la región de Texcoco.